Подземные и полуподземные накопители также используют или рекомендуют в Москве, Тюмени, Сочи, Краснодаре и Екатеринбурге. В Петербурге же управляющие компании чаще выбирают наземные павильоны. По словам директора по продукту компании «Унистрой» Эдуарда Шагимарданова, подземные системы требуют железобетонной конструкции, инженерных коммуникаций и ежемесячного обслуживания гидравлики и подвижных узлов.

Стоимость подземного решения, по оценке Шагимарданова, в 3–5 раз выше наземного — в зависимости от формата и исполнения. В проектах высокого класса некоторые застройщики размещают контейнеры в отдельных помещениях с вентиляцией и коммуникациями внутри подземного паркинга, а отходы вывозят техническим подъёмником.

В «Невском экологическом операторе» (НЭО) среди сложностей называют более дорогую логистику и необходимость обслуживать площадки краном-манипулятором. Такая техника не всегда может проехать по узким дворам, где к тому же часто стоят автомобили. Кроме того, дождь может попасть в накопители, не оборудованные водоотведением, и помешать вывозу отходов. В НЭО отмечают, что поломка оборудования может остановить вывоз с площадки до ремонта; при этом операторы по транспортированию уже обслуживают заглублённые контейнеры по всему городу.

Ещё одна проблема — неправильное использование накопителей, которые рассчитаны на бытовой мусор. По данным комитета по природопользованию и НЭО, жители выбрасывают туда крупногабаритные, строительные и острые предметы, из-за чего рвутся внутренние мешки-вкладыши. В компании «Едино» также указывают на риск возгораний: повреждённые огнём накопители приходится заменять.

Генеральный директор УК «Управление комфортом» Сергей Могилевец сообщил, что его компания не использует заглублённые контейнеры и не приветствует их. Коммерческий директор LAR Development Евгений Бескровный пояснил, что выбор системы зависит от класса жилья: в массовом сегменте важны надёжность, простая логистика и невысокая стоимость эксплуатации, а в проектах высокого класса чаще учитывают эстетику двора. По словам Максима Жабина из ГК «Едино», дополнительные расходы на эксплуатацию отражаются на тарифе в платёжной квитанции собственника.

В НЭО заверили, что транспортные подрядчики готовы обслуживать заглублённые площадки, если застройщики будут выбирать такие решения.