По версии, которую приводят зарубежные издания, родители Маргариты погибли в железнодорожной катастрофе, когда ей было семь лет, а воспитывал её дед Леонид Богданов. Однако расследование «Комсомольской правды», пересказанное в материале, ставит эту историю под сомнение: по архивным данным, девочку забрали в интернат № 34 на Петроградской стороне в пятилетнем возрасте, а в 1969 году родители попали в колонию. Этот год в официальной биографии указан как год их гибели.
Маргарита Богданова родилась 18 июня 1962 года в Ленинграде. После интерната она училась на бухгалтерском отделении Ленинградского техникума советской торговли, затем работала официанткой. В 1984 году познакомилась со швейцарцем и уехала с ним за границу; их брак продлился около года.
В 1989 году в самолёте, летевшем из Парижа в Нью-Йорк, она познакомилась с Робером Луи-Дрейфусом, руководителем агропромышленного конгломерата Louis Dreyfus Company. Они поженились в мае 1992 года, у пары родились трое детей. После смерти мужа в 2009 году Маргарита унаследовала контрольный пакет компании и футбольный клуб «Олимпик». Позднее она продала часть акций клуба, взяла кредит и выкупила остальные бумаги у семьи мужа.
Помимо Louis Dreyfus Company, Луи-Дрейфус контролирует инвестиционный фонд Leonidsport B.V. и владеет долями в британской Cornish Metals и французском «Олимпик Марсель», а также элитной недвижимостью в Швейцарии. Её третьим мужем был Филипп Хильдебранд, бывший глава Центробанка Швейцарии и вице-председатель BlackRock. В 53 года она родила ему двойню; супруги расстались в 2022 году.